厦门航空有限公司是全国第一家合资经营的按企业化运行的航空公司，1984年3月，由民航上海管理局(50%)代表民航方，福建投资公司(25%)、厦门建设发展公司(25%)代表福建方共同合资经营，于1984年7月25日在北京正式宣布成立。 其后股权多次转让，1985年12月，民航局指定民航上海局所占股份转让给民航广州局，1992年1月1日起，福建国际信托投资公司(华福公司，原福建投资公司)和厦门建发公司各无偿转让5%股份给中国南方航空公司(民航广州局政企分开后成立的航空运输企业)，1993年，福建航空公司划归厦门航空经营，1999年福建方股份全部转让给厦门建发集团(40%),剩余股份(60%)由中国南方航空股份有限公司持有。2010年12月，厦门航空增资扩股，引入河北航空投资集团，占15%股份，中国南方航空股份与厦门建发股权分别降至51%和34%。2015年7月，河北航空投资集团转让其所持股份予南航和福建投资，保持三大股东结构，南航股份(55%)、厦门建发(34%)和福建投资(11%)。 2012年11月21日，厦门航空正式加入天合联盟。